1998年所設置的實驗動物中心是為滿足本校、花蓮慈濟醫院以及慈濟科技大學等花蓮地區之慈濟志業體，在「不得不」應用動物於科學目的時，可確保試驗成果之真確性，且自實驗設計至試驗善後皆合乎當今人道精神及政府法規，再者，也必須使試驗過程中可能產生的公害風險降至最低。 故實驗動物中心在本校實驗動物照護及使用委員會的督導下，以嚴謹綿密的標準作業程序機制:
- 持續提供合乎國際要求的動物試驗環境與資源
- 執行高品質的動物人道照養與獸醫照護
實驗動物中心也針對即將或剛入門動物試驗的學生、助理及教師提供教學訓練，訓練內容為中心同仁共同編篡錄製，包括：
- 以人道、法規以及應用實驗動物中心資源的注意事項為主軸，所規劃的線上教學與測驗
- 實驗動物常識的線上文字資源
- 針對特定動物投藥及 (或) 採樣技術的一對一教學
- 獸醫、繁殖、冷凍胚等技術的不定期諮詢與協助等