動物中心位於本校F棟(大捨樓)5-6樓，自規劃即一切以Guide for The Care and Use of Laboratory Animals (NRC, USA 1996) 為規範，以本校既定之研究方向、不忘人道要求、配合國內動物來源、位處花蓮等特性進行籌設，期能因應本校爾後15年的需求。硬體設備為非常「教課書式」的標準化、多功能、但各區空間皆有限的典型醫學院實驗動物設施。 這共兩層樓，共約700坪的設施，可分為下列4種功能區 (圖1, 2及表1)。
圖1. 實驗動物中心5樓平面圖。各區室名稱對照表請參閱表1。 (可點圖放大)
圖2. 實驗動物中心6樓平面圖。各區室名稱對照表請參閱表1。 (可點圖放大)
功能區介紹
一、飼育區室
共29間，所有飼育室皆氣密且易清潔，且作恆溫、恆濕、全換氣、與走廊具壓差之人工環境控制。除飼養大型動物之欄飼室不作光照控制外，其餘飼育室皆以定時器，控制電燈開關。
1. 大動物欄飼與籠飼區
- 位於5樓，共4間。包含3間欄飼室 (515-517室) 與1間籠飼室 (521室)。而515及516室為隔離、具陰壓的檢疫室。
- 大動物欄飼區主要用於飼養實驗用犬及體重小於70 Kg的豬。
- 各飼育室皆備地面排水、充足水源與固定式之大型除濕機，以利例行飼育時必須大量用水沖洗欄舍。
2. 多功能動物籠飼區
- 本區位於5樓，大小共3間，每3間為一組，共用一程序實驗室 (procedure laboratory)。具地面排水，且具可將排水口完全密封之旋蓋。
3. 小動物影像設備區
- 因應研究需求，本中心將507-510室建構為小動物影像設備區。但其小動物影像設備屬慈濟醫療財團法人 創新研發中心所有，如需借用需與設備負責人接洽。
- 507室放置小動物核磁造影系統(MRI)。
- 510室放置小動物非侵入式光學影像系統暨高解析高速電腦斷層掃瞄系統(IVIS/μCT)。
4.生物安全飼育室
- 本區位於5樓518~520室共3間，為生物安全等級2（ABSL-2）專用飼育室，用以代養需進行生物危害第2等級實驗之小型實驗動物。
- 各飼育室內部均為負壓設計，並各設置Class II type B2之生物安全櫃1台，欲使用本飼育室除需通過相關實驗動物申請文件外，尚須至本中心線上學習平台(請以Google Chrome)瀏覽生物安全相關教學影片並通過考試，以及進行生物安全櫃實體操作後，方可使用本飼育室。
5. 多功能小型動物籠飼區
- 本區位於6樓，大小共12間，無地面排水。其中，609及610室也為可調整呈陰壓或陽壓之飼育室。
- 主用於飼育常見之嚙齒類與兔等實驗動物。
5. 無特定病原動物隔離飼養區
- 本區也位於6樓，共4間，天花板空調進風口處，裝設HEPA過濾網，使室內空氣潔淨度達Class 10, 000。也無地面排水。
- 主用於大量飼育須長久保持潔淨之動物，例如：作為動物繁殖之區室。
- 除人與動物外，所有飼育籠具與墊、飼料皆由613室經高壓蒸氣滅菌鍋處理後送入630室。
二、支援飼育的區域
1. 清洗滅菌區
- 位於6樓北側，由洗籠間待洗側、洗淨側及高壓滅菌準備室、清潔籠具暫存室及夾雜在其間之大型機械維修室所組成。
- 此區配備之大型機械包括：可應用低溫滅菌之隧道式洗籠機 (tunnel washer) 與籠架洗滌機 (rack washer)、2台大型高壓蒸氣滅菌鍋、1台飲水瓶裝填機以及2台清洗飲水瓶頭之超音波機械。
2. 庫房
- 於5、6樓各設一組之墊料庫房與飼料冷藏庫
- 位於5樓北側之感染廢棄物冷藏庫及屍體冷凍庫 (540室)
- 於5樓庫存籠具之541室
- 於5樓動物中心大門外的547及548室及後門的538室，則為消耗品庫房
- 於6樓的638室則為垃圾暫存間
3. 其他
- 供應動物飲用水之RO水製造機機房
- 洗衣房
- 隔離區入口的浴室與無塵室
- 籠具維修工作室
三、共用實驗室空間
1. 無菌手術設施
- 位於5樓，鄰大動物飼育區與行政區。室內呈陽壓，空氣品質控制在Class 10,000。
- 由更衣、刷手間、器材準備室、動物術前準備室、恢復室、X光室及手術室所組成。
- 備有共用的手術器材、桌上型滅菌鍋、氣體麻醉機、呼吸器、無影燈、手術顯微鏡 等。
2. 屍解房
- 於5樓之511室，室內相對於走廊呈陰壓。
- 備可排氣又可用水的屍解台、排煙櫃、光學及解剖顯微鏡等。
- 本室為動物行安樂死之場所，故備CO2供應設備，此外，並置播放往生咒之錄音機。
3. 程序實驗室
- 分布在各飼育區中共有6間，皆具嵌在牆面之實驗桌、水槽等，可用於簡單之試驗操作。
- 該室也可配無菌操作台 (laminar flow work station)，用於必須保持絕對潔淨之動物試驗與例行飼育之無菌操作。
4. 微生物學與血清學實驗室
- 位於5樓行政實驗區 (535, 535a)。535a為一無菌室。
- 除應用於動物中心動物健康與環境微生物之例行監測，該處所備之儀器也可供動物中心使用者共用。
四、行政辦公與休息區
位於5樓動物中心入口。除是動物中心同仁之辦公與例行會議場所外，動物中心之空調控制、門禁管制以及警報、廣播系統，皆置534室。
動物中心之男、女廁所則5、6樓皆具備，其中皆設有供應熱水的淋浴設備。
為確保動物飼育環境之恆定，動物中心應用碩大耗能的全換氣空調系統控制室內之溫、溼度與空氣潔淨，並連接緊急發電設備避免停電可能之後果。為保持動物之健康，用於飼育的籠具也例行應用可低溫滅菌之大型清洗機械維持清潔，部分籠具與墊、飼料與逆滲透飲水更以高壓蒸氣鍋爐滅菌，而設施內部之清潔、消毒與滅菌工作，並非委託清潔公司，而倚賴動物中心同仁。再者，各式環境與動物健康品管監測以每季例行進行。故維持動物中心整體之潔淨，實賴所有使用者具備良好之個人衛生與公德心。